Baltijas Pastorālā institūta misija ir apmācīt, stiprināt un nodrošināt ar resursiem rūpīgi izvēlētus jaunus mācītājus, lai viņi pasludinātu evaņģēliju, dibinātu un vadītu ietekmīgas misionālas draudzes stratēģiski svarīgās vietās Latvijā, Baltijas reģionā un aiz tā robežām. BPI attīstība cieši saistīta ar Latvijas Baptistu Draudžu Savienības plāniem izveidot 100 jaunas un dzīvas draudzes nākamo desmit gadu laikā.